La misión del GAIPE es:

• Construir un plan de investigación y una teoría del caso que apunte a determinar la responsabilidad de los autores materiales e intelectuales, incluyendo el establecimiento de la responsabilidad corporativa y/o de entidades financieras. Asimismo, establecerá los patrones y el modus operandi que han desencadenado en violaciones de derechos humanos a integrantes del COPINH y en el asesinato de Berta Cáceres.
• Analizar la respuesta del Estado en el esclarecimiento de los hechos de los que fueron víctimas Berta Cáceres y Gustavo Castro, con base en los más altos estándares internacionales en materia de debida diligencia.
• Establecer una estrategia para que se garantice la reparación integral de los daños físicos, morales, psicosociales y materiales sufridos por los familiares de Berta Cáceres, Gustavo Castro, los integrantes del COPINH y la comunidad lenca.
• Presentar recomendaciones para que se remuevan los obstáculos que impiden la plena vigencia de los derechos a la verdad, justicia y reparación, así como sobre medidas para la no repetición de las violaciones.