El 2 de marzo de 2016, aproximadamente a las 11:45 de la noche, personas desconocidas ingresaron a la vivienda de Berta Cáceres Flores, ubicada en La Esperanza, departamento de Intibucá, y la asesinaron. En los hechos también resultó herido el ambientalista Gustavo Castro Soto, de nacionalidad mexicana.
Berta Cáceres era una reconocida defensora de Derechos Humanos desde su rol como coordinadora general del Consejo Cívico de Organizaciones Populares y Cívicas de Honduras (COPINH). Gustavo Castro, por su parte, se desempeñaba como coordinador de la organización Otros Mundos.
Desde 2009, Berta Cáceres había sido beneficiaria de medidas cautelares otorgadas por la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) dado un serie de llamadas intimidatorias, seguimientos, y agresiones. Despues de su asesinato, la CIDH tambien ha ordenado al Estado de Honduras adoptar de manera urgente medidas de protección a favor de los integrantes del COPINH, de los familiares de Berta Cáceres, de sus representantes legales, y del señor Gustavo Castro.
La muerte de Berta Cáceres provoca una reaccion inmediata nacional e internacional. Activistas sociales y ambientalistas participan en masivas marchas en Honduras para exigir que se esclarezca la muerte de la dirigente indigena. Las hijas e hijo de Berta Cáceres solicitan de manera reiterada el nombramiento de una comisión de personas expertas e independientes para asegurar la investigación eficaz de los hechos y la indentificacion de todos los autores materiales e intelectuales. Organizaciones internacionales se unen al reclamo de justicia haciendo echo a la solicitud de la familia Caceres que se lleve a cabo una investigacion internacional e independiente de las circunstancias en torno al ataque contra Berta y Gustavo. Distintas instituciones financieras y empresas vinculadas con el desarrollo de proyectos energéticos en Honduras tomen distancia de los mismos. Congresitas de los EE.UU. elaboran un proyecto de Ley «Ley Berta Cáceres» en junio de 2016 que busca detener el financiamiento estadounidense al gobierno hondureño en materia de infraestructura de seguridad nacional.
El 2 de mayo 2016, el Ministerio Público anunció de la captura de cuatro presuntos responsables del asesinato de Berta Cáceres, y de la tentativa de asesinato al señor Gustavo Castro Soto a partir de las acciones del Ministerio Público (MP) y de la Agencia Técnica de Investigación Criminal (ATIC).
Estas personas son: Edilson Duarte Meza (presunto ejecutor), Sergio Rodríguez (gerente ambiental de la empresa Desarrollos Energéticos S. A, DESA), Mariano Díaz Chávez (instructor de la Policía Militar del Orden Público y miembro de las Fuerzas Especiales del Ejército), y Douglas Geovanny Bustillo (Teniente retirado de las Fuerzas Armadas de Honduras y quien fue subjefe de seguridad de la misma empresa, DESA).
Unos días después, el MP amplió el requerimiento fiscal en contra de Emerson Eusebio Duarte Meza −hermano de una de las personas detenidas el día 2 de mayo−, e informó que una persona de nombre Henry Javier Hernández habría participado en los hechos, pero no fue capturada.
El 8 de septiembre de 2016 fue capturado igualmente por estos hechos el joven Elvin Rápalo Orellana, a quien también le profirieron requerimiento fiscal.
El avance del caso se vio alterado cuando, el 28 de septiembre, cuando el expediente del caso fue robado del auto de la magistrada de la Corte de Apelaciones, María Luisa Ramos, en la ciudad de Tegucigalpa.
El 10 de octubre, Douglas Bustillo, Henry Hernández, Edilson Duarte y Sergio Hernández recibieron el auto formal de procesamiento. La Corte de Apelaciones de lo Penal de Francisco Morazán declaró «No a lugar» los recursos de apelación interpuestos por la defensa de los imputados.
Actualmente, la causa penal por el asesinato en perjuicio de Berta Cáceres y la tentativa de asesinato contra Gustavo Castro se encuentra en la etapa intermedia del proceso. El Juzgado de Letras con competencia territorial nacional en materia penal ha señalado la Audiencia Preliminar para el día 19 de enero de 2017. En la que, el Ministerio Público y la acusación privada formalizará la acusación en contra de los imputados Sergio Ramón Rodríguez Orellana, Douglas Castillo, Mariano Díaz Chávez, Edilson Atilio Duarte Meza, Emerson Eusebio Duarte Meza, y Elvin Roberto Rápalo Orellana, igualmente. Después de la contestación de cargos por parte de las defensas de los encausados descritos, se podría decretar sobreseimiento definitivo, sobreseimiento provisional, o auto de apertura a juicio oral y público.
Relacionada a la causa anterior, se siguen procesos penales contra los ex viceministros de la Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente, Marco Jonathan Laínez Ordóñez y Roberto Darío Cardona Valle, a quienes se les decretó auto de formal de procesamiento por los delitos de abuso de autoridad en perjuicio del pueblo lenca y sus territorios, en virtud de haber aprobado las resoluciones de licencia ambiental en favor del Proyecto Hidroeléctrico Agua Zarca, sin haber realizado la consulta libre, previa e informada, como lo establece el Convenio 169 de la Organización Internacional del Trabajo.